Die Schulpflegschaft ist das oberste Elterngremium der Schule. Hier treffen sich die in den einzelnen Klassen und Stufen gewählten Elternvertreter*innen (am EMA ca. 80 Eltern), die sich für die Belange ihrer Kinder und der Schule einsetzen. Zu Beginn des Schuljahres wird der Vorstand gewählt, das sind in diesem Schuljahr 2024/25: Dr. Christian Meurs als Vorsitzender sowie Katrin Gasbauer, Dr. Sabine Kirkman und Kai Wellhausen als stellvertretende Vorsitzende.

Viermal pro Schuljahr finden Schulpflegschaftssitzungen mit allen gewählten Vertreter*innen statt. Dort werden Themen diskutiert und abgestimmt, die aus Elternsicht für die Erziehungs- und Bildungsarbeit der Schule wichtig sind; die Anstöße hierfür kommen häufig direkt aus den einzelnen Klassen und Stufen. An den Schulpflegschaftssitzungen nehmen regelmäßig die Schulleitung und die Schülervertreter teil, um über aktuelle Aktivitäten und Entwicklungen zu informieren. Die Protokolle der Sitzungen werden über die Elternvertreter*innen an die Klassen und Stufen zur Information verschickt.
Aus der Schulpflegschaft werden sechs Elternvertreter*innen für die Schulkonferenz, das oberste Mitwirkungsgremium der Schule, gewählt. Darüber hinaus wird über die Elternvertreter*innen für die Fachkonferenzen, den Mensabeirat sowie für die Stadtschulpflegschaft, die Elternvertretung aller Bonner Schulen, abgestimmt. Zudem sind Elternvertreter*innen in verschiedenen Arbeits- und Projektgruppen vertreten (z.B. „Lebensraum Schule“).

Über die Organisation und Durchführung der Schulpflegschaftssitzungen hinaus hat der Vorstand weitere Aufgaben. Regelmäßige Treffen mit der Schulleitung führen zu einem zeitnahen Austausch von aktuellen Fragestellungen oder Problemen, bei Veranstaltungen wie z.B. dem Tag der offenen Tür oder den Elternsprechtagen sind immer Ansprechpartner präsent, einmal jährlich wird ein Lehrer-Elternvertreter-Abend organisiert.